CTU第一支部A班的前班长现马因涉嫌暗杀日本首位女性总理候选人朝仓丽而展开逃亡。这时，现马与与丽的暗杀计划有关的神林民三的手下音守清介接触。他要音守清介带他去监禁着被神林绑架的六花、美有的基地。与此同时，现马与水石伊月联络。为了正确找出基地的位置，他让伊月秘密追踪自己手机的GPS。然而现在伊月的行动正被致力于抓住现马的A班现任班长小畑绿子彻底监视。她使用强硬手段，逼问伊月和南条巧，要他们供出现马的下落。现马躲过神林的追捕，潜入了基地，终于与心爱的妻女相见。不过，此前不久，六花和美有射杀了想要杀她们的神林的手下。神林为手下迟迟不归感到奇怪。这时，地下情报员上州正企图完全消除丽的儿子子夕太所谓正当防卫而杀人的事实。如此一来，知晓夕太秘密的葵塔子的生命就面临危险。有着不好预感的丽不顾自己身处险境，做出了一个决定。
