현재 행방불명인 전설의 세 닌자 중 한사람인 츠나데의 소식을 알아내기 위해서, 나루토와 여행을 떠난 지라이야. 그는 이번 여행으로 수수께끼의 조직「아카츠키」의 일원이 되어 있는 우치하 이타치로부터 나루토를 지키면서, 자신의 제자로써 수업을 받게 하려고 생각하고 있었다. 지라이야로부터 새로운 기술을 가르쳐준다는 말에 신나하는 나루토. 그런 나루토에게 지라이야는 일찍이 자신의 제자였던 4대 호카게, 그리고 자신의 어렸을적을 연상시키는 것이었다. 한편, 이타치의 환술에 당해 혼수상태가 되어있던 카카시를 병문안 온 사스케는 그곳에서 중대한 사실을 알게된다. 일족을 죽음으로 몰아넣은 자신의 형 이타치가 나뭇잎마을에 나타났다는 것, 그리고 그 이타치가 나루토를 노리고 있다는것... 사스케는 나루토와 지라이야가 향했다는 여관마을로 향하지만...
