Alors que Kazuki est toujours prisonnier de l'Armée de l'Humanité, l'île de Tatsumiya est attaquée par un Sphinx, d'une espèce inconnue capable de tirs à longue distance. Makabe n'a d'autres solutions que d'envoyer ses trois pilotes restants, bien qu'inexpérimentés en combat réel : Mamoru, Kenji et Sakura. Mais il craint surtout que leur compatibilité partielle avec le Fafner ne leur cause des dommages physiques et psychologiques irréversible. mais il n'y pas d'autres choix. Maya, de son coté, se sent seule et inutile, et commence à comprendre ce que vivait Shôko...
