La historia está ambientada en Neo San Francisco, una ciudad costera libre y alegre. Un Muteki de buen corazón que se trasladó a esta ciudad conoce a un muchacho que se hace llamar DJ, y se transforma en el héroe bailarín Muteking. Para salvar la ciudad de los monstruos que aparecieron de repente, Muteki y DJ luchan contra ellos con canciones y bailes, pero Pero entre bastidores, se avecina una inimaginable crisis de la humanidad.
