La historia sigue 20 años después de la destrucción de los tres mundos llevada a cabo por Nagumo transformado en Dios de la Destrucción. El verdadero Chojin nace en el castillo de Osaka adelantándose a las predicciones, advirtiendo a Amano del nacimiento en Tokyo de una fuerza maléfica con poder suficiente para destruirle, el Kyo-o. A todo esto, una nueva raza ha nacido a partir del caos provocado por la unión de los mundos, los Makemono (demonios bestia). Esta raza es esclavizada por el dictador Caesar, que junto a su camarada Faust pretende hacerse con el poder de Kyo-o y eliminar al Chojin.
