Kurz nachdem die 2nd Mass wieder in Charleston angekommen ist, werden sie sogleich von den Espheni attackiert. Durch den Angriff wird die Gruppe voneinander getrennt. Vier Monate später befindet sich Tom (Noah Wyle) in Gefangenschaft in einem Espheni-Ghetto. So oft wie möglich versucht er, auszubrechen und so mehr Informationen über die Außerirdischen zu sammeln.
