Dokumentaren fortæller for første gang den komplette historie om Stuxnet, en selvreplikerende computervirus fra 2010. Virussen, der angiveligt blev sluppet løs af USA og Israel for at sabotere Irans atomprogram, endte med at sprede sig langt ud over det oprindelige mål, men hverken USA eller Israel har erkendt, at de stod bag. Dermed blev Stuxnet det nyeste våben i en hemmelig krig, hvor computerprogrammer afløser bomber.
