Gabriel Byrne er "præstedetektiven" Father Kiernan der efterforsker religiøse fænomener på vejen af kirken. Han bliver bedt om at kigge nærmere på en sag hvor en ung pige, Frankie (Arquette), bliver plaget af såkaldte "stigma", mystisk fremkomst af de sår Kristi fik på korset. Frankie er simpelthen ved at dø af de tilbagevendende sår. Kiernan forsøger at hjælpe hende, men han finder hurtigt ud af at der er kræfter i kirken, der slet ikke ønsker at hun overlever.
